今年の恵方と方角にちなんだ分子生物学実験手法名

節分ですよ。えぇ、かつてこっそりと関西人やっていたもんですから、節分と言えば恵方巻でしたよ。学校から帰って来るじゃないですか、そうすると台所のテーブルの上におやつとして恵方巻が置いてある。それが節分だったのですよ。

wikipediaの「恵方巻」の項

さて、今年の恵方は、ほぼ南南東だとか。南南東は英語では「South-southeast」で「SSE」と略すらしい(英会話サークルみたいってそれは「ESS」か)。

話は変わって、分子生物学の実験手法の一つにサザン法(サザンブロッティングあるいはサザンハイブリダイゼーション)というのがあるのですよ。サンプルの中に特定の塩基配列を持つDNAが存在するかどうかを検出する手法。一般的には生物の全DNA(ゲノム)あるいは特定のDNAを酵素で処理し、電気泳動した後、それをメンブレン(膜)に転写する(ブロット)。そのメンブレンに対して、ラベリングした検出したい塩基配列のDNA(実際には相補的な配列)をプローブとして特異的に結合させて(ハイブリダイズ)、メンブレン上のどこにプローブが結合したかを調べる。Edwin Southern さん(まだ存命のはず)によって開発された方法なので 「サザン法」と名付けられてます。

サザン法は、DNAをDNAプローブで検出する方法。同じ原理で、DNAの代わりにmRNAを電気泳動で流したものをメンブレンに転写し、DNAプローブで検出する方法(RNAをDNAプローブで検出する方法)には「ノーザン法」と名付けられたとさ(「サザン法」にちなんだシャレ)。さらに、サンプルに含まれるタンパク質を検出する方法として、タンパク質を電気泳動した後にメンブレンに転写し、特定の抗体(抗体もタンパク質なのでタンパク質同士の結合)で検出する方法には「ウェスタン法」と名が付いております。

じゃ、これの応用。ある特定のDNA配列に結合するタンパク質を検出する方法があります(DNAに結合するということは主にDNAの転写調節タンパク質である可能性が高い)。サンプルのタンパク質を電気泳動した後にメンブレンに転写し、DNAプローブで検出する。この方法はDNAとタンパク質の結合なので「サウスウェスタン法」と名付けられておりますよ。

wikipediaの「サザンブロッティング」の項(DNAをDNAで検出)
wikipediaの「ノーザンブロッティング」の項(RNAをDNAで検出)
wikipediaの「ウェスタンブロッティング」の項(タンパク質をタンパク質で検出)
wikipediaの「サウスウェスタン法」の項(タンパク質をDNAで検出)

サザンやウェスタンは学生実習でも行うくらい基本の実験手法なんだけれども、RNAを扱うのは難しいというか超面倒なので(RNA分解酵素はそこら中にあるため油断するとすぐ分解されてサンプルがおじゃんになる)、個人的にノーザンは難易度が高くて嫌い。でも学位論文発表や学会発表なんかでは「で、ノーザンはやったの?」としばしばつっこまれることがあるので油断ならない。

ついでに、生物学の用語にはこういうシャレでつけられた名前ってほかにもある。例えば、64コドンのうち終止コドンは3つあるんだけれども、それぞれにオーカー、アンバー、オパールとキラキラネームが付いている。最初にアンバーが名付けられたのだが、そのいきさつはこうだ。ある仮説を検証するための超面倒くさい実験を考えた人たちがいるんだけれども、彼らは自分たちがその面倒くさい実験をやりたくないもんだから、とある大学院生に「もし実験がうまくいったら得られた変異体に君の名前にちなんだ名前を付けてあげよう」と丸め込んで実験させたのだ。幸いなことに実験はうまくいって仮説は検証された。その大学院生の名前はBernsteinといった(英語だとAmber(琥珀)の意)ので、その変異体には「Forever Amber」と名が付けられた。のちにその変異体の変異の原因は、ある終止コドンが原因とわかった。そういうわけでその終止コドンには「amber」と名が付いた次第。で、残り2つの終止コドンにもだったらということでキラキラネームが付きましたとさ。

wikipediaの「終止コドン」の項
「源流を遡る」 第1回 – コーヒーブレイク | 東洋紡バイオテクサポート事業部

アウストラロピテクスの有名な化石標本「ルーシー」は、調査作業中にかかっていた曲がビートルズの「Lucy in the Sky with Diamonds」だったからとか。

wikipediaの「ルーシー (アウストラロピテクス)」の項

happy holidays

平均的なキリスト教徒の家で、クリスマスの行事は12/24の晩から25日の夕暮にかけて行われる。
その行事とは、晩餐、真夜中のミサ、イヴのパーティー、パーティーの後の嘔吐、
プレゼントの交換、クリスマスの昼食、クリスマスの昼食の後の嘔吐、そして叔母さんへのキス、である。
( ピエール・デブロージュ )

師走の厠で夜中に僕は……

夜中に便意を催して目が覚める。いそいそとトイレに駆け込み、ものを排泄する。滝のような液体だった。まだ出るんかい、このままやと俺ひからびてまうで、というくらいおっちんしてましたよ。しかも出し切ったような、でもまだ何か残っているような不穏なおなか具合でしばらくベッドに戻れず。緊急事態だったので何も準備していない。師走の冷え切った深夜の底、僕はトイレで凍えていたのであった。(便座を温かくするような仕組みは導入していない)

そういえば、さるネットアンケート調査では、今やトイレにウォシュレットは多くの人に望まれているようだが、うちにはまだついていない。この後、ウォシュレットではない本物のシャワーに出向きわざわざキレイキレイしたのは言うまでもない。本当はウォシュレットを設置したいのはやまやまなのだが……(<すればいいじゃん)。

一問一答 「ご自宅のトイレはどのタイプですか?」結果|キューモニター アンケートモニター募集中

料理面倒くさい人間が「簡単」を謳うレシピを見ての所感

「少ない材料でパパっとできる」を謳ったレシピの第1工程が「大根は皮をむき、千切りにする」だった。料理面倒くさい人間にとっては、この時点で「パパっ」ではない。最初から挫折する。第2工程は「塩をまぶして塩もみし、5分ほどおいたら水切りをする」。実際に手を動かすことは少ないかもしれないが、ラフ的にはやはり「パパっ」ではない。

レシピ検索をする際に、結構な頻度でキーワードに「簡単」を入れているが、検索結果に出てくるレシピが本当に簡単だと思えたものは少ない。レシピで謳われる「簡単」とは、料理するのを面倒だとは思わない人基準なのではなかろうか。ラフはものぐさ人間なのである。食事はおいしいものを食べたいとは思うが、おいしく食べられるならそっちがいいという程度で、おいしくするための手間がやはり面倒くさいのである。あぁ心の貧しい生活……。

神楽坂のコーヒースタンド巡り

 天気のいい日曜日。午後は散歩がてら神楽坂方面へ出かける。そういえば赤城神社裏のMOJOコーヒーがいつのまにか閉店していることに最近気付いて残念に思っていたんだけれども、じゃ新しいところに行ってみようかと、ちょっと気になっていたコーヒースタンドを2軒はしごしてきた。2軒ともちょっと裏道に入ったところにある小さい店舗。

 まず、1軒目は地蔵坂の途中にある「WHY NOT Specialty coffee &」。

WHY NOT Specialty coffee &(ワイノット) (牛込神楽坂/コーヒー専門店) – Retty

小ぎれいなシェアオフィスビルの1階にある、レジカウンターのみのコーヒー店。基本テイクアウトだけれども、休日は中庭のテーブルも使っていいということでビルの谷間でのんびりしてきた。小さい店なのにキャッシュレス決済対応が嬉しい。

WHY NOT Specialty coffee &
WHY NOT Specialty coffee & のコーヒーをビルの中庭で

 2軒目は、奥神楽坂の「Swing by coffee」。

Swing by coffee(スイング バイ コーヒー) (神楽坂/コーヒー専門店) – Retty

この店の場所は知っていないと気付かないぞ。住宅街にある引き戸の小さなコーヒー店。基本テイクアウト。下記の写真のとおり表に小さなベンチはある。

Swing by coffee
Swing by coffee

 神楽坂をじっくり裏道まで散策してみたんだけれども、前から気になってチェックしていたのに、いつの間にか閉店していた店がちらほら見受けられた(MOJOコーヒーしかり)。「行きたいな」と思ったときに行っておかないと。

「あぁ、僕はこのまま死んでしまうのかもしれないなぁ……」

今朝は寒くて目が覚めた。寝るときは若干暑かったので、薄着寝具だったんだけれども、明け方恐ろしく寒くて「あぁ、僕はこのまま死んでしまうのかもしれないなぁ……」と半分寝ぼけた頭の中で思いながら、それでも起きずに寒くて凍えて寝ていた(それでも寝ていられるラフ)。いや、もうこの季節の年中行事だよね。イベントの年中行事はあまりしないけれども、こういう季節のお約束は忘れずに毎年律義にこなしている俺ってば、やっぱり四季の国の人なんだなぁと思ったり思わなかったり。朝起きたら死んでなくてよかった。

本日の晩御飯はカルボナーラです

うん、忙しくて落ち着いて更新する余裕がない10月なのです。生存報告として、本日の晩御飯を載せておきます。電子レンジで作ったカルボナーラ。結構簡単。

電子レンジカルボナーラ
電子レンジカルボナーラ

リュウジさんのレンジでカルボナーラ by ちゃんさやお 【クックパッド】 簡単おいしいみんなのレシピが340万品
レンジで簡単 とろとろ半熟カルボナーラ 作り方・レシピ | クラシル

How about Grilled Chicken Rice Bowl?

残業で遅くまで仕事していて、晩飯作る気がないよぉ。でもおなかは空いたー。こういう時在宅勤務って助かる。なので手早くざざっと作ってみた。手抜きで作ったにしては、副菜に汁物までつけた(昨日そんなものは用意しないと言ったばかりなのに!!はいはい、オオカミ少年が通りますよ)。なんだか人に見せても恥ずかしくないような気がするものが現出したので、今日も作った料理を晒してみる。

焼き鳥丼セット
焼き鳥丼セット
  • 焼き鳥丼(手前左)
  • 冷凍された鶏肉は昼間冷蔵庫に移して解凍済み(在宅だもの)。フライパンで裏表を軽く焼いたら、玉ねぎを放り込んで、料理酒、みりん、めんつゆで軽く煮込む。レンジでチンした解凍ごはんの上にフライパンの中身をたれとともに流し込み、細切り大葉とイリゴマをトッピング。

  • ピーマンのお浸しもどき(奥)
  • ピーマンは洗ってから料理酒をふりかけて切らずに丸ごと電子レンジでしっかりチン。取りだしたら、鰹節をわさわさと乗せて、めんつゆぶっかけて味付け(めんつゆ便利)。この調理方法だとピーマンはヘタも種も食べられるんだよ。包丁いらずのお手軽スピードレシピ。

  • たまご入りほうれん草とベーコンのスープ(手前右)
  • インスタントスープのもとにお湯を注いで戻すだけなんだけれども、汁物まで作っちゃったよ。

超手抜きだけど、久々にちゃんと定食と名付けてもいいような気分の料理をしたよ。

そうそう、ここは基本的にはテキストブログサイトなので、たまに写真を載せてみると、R氏いわく「違う人のブログに来ちゃったんじゃないか」感が強いそうだ。

焼き鳥丼のレシピ/作り方:白ごはん.com
やきとり丼:Yakitori Bowl : 英語で話す日本:About Japan in English